小型船舶操縦士の等級区分は、操縦できる水面の範囲や船の種類などにより分かれています。平成15年6月までは1級〜5級までの5区分でしたが、現在はボート・ヨット用の1級小型船舶操縦士・2級小型船舶操縦士と、水上オートバイ用の特殊小型船舶操縦士に再編されています。また、2級小型船舶操縦士には2級湖川小出力小型船舶操縦士という区分もあります。
1級小型船舶操縦士の航行区域には制限がありません。操縦できる船の大きさは、総トン数20トン未満となります。
2級小型船舶操縦士の航行区域は、平水区域および海岸から5海里以内となります。操縦できる船の大きさは、総トン数20トン未満です。
2級湖川小出力小型船舶操縦士は、湖および川ならびに、国土交通大臣が指定する海域（例：石川県の七尾北湾、高知県の浦戸湾、沖縄県の塩屋湾など）のみ航行可能です。操縦できる船の大きさは、総力5トン未満、出力20馬力未満の小型船舶となります。
特殊小型船舶操縦士は水上オートバイ専用の免許で、航行区域は陸岸から2海里以内となります。ただし、1級・2級小型船舶操縦士免許を持っていても、特殊小型船舶操縦士の免許がなければ、水上オートバイの操縦は出来ません。
また、旅客船や遊魚船などの、人の運送をする小型船舶の船長になろうとする場合は、上記免許に加え、小型船舶操縦者としての業務を行うに当たり必要となる海難発生時における措置、救命設備等に関する「小型旅客安全講習」を受ける必要があります。
小型船舶操縦士免許は、いずれも生涯免状です。免許の更新期間は5年となっています。