再交付された免許証は、新たに交付された日から5年間有効となります。申請時に必要な書類は以下になります。
1.操縦免許証再交付申請書
（運輸局等の窓口で配布しているものに、写真を貼ったもの）
2.写真1枚
（申請日前6ヶ月以内に撮影したもの サイズは縦45mm×横35mm）
3.小型船舶操縦士身体検査証明書
（申請日前3ヶ月以内に更新講習機関または医師が発行したもの）
4.失効再交付講習終了証明書
（申請日前3ヶ月以内に失効再交付講習機関が発行したもの）
5.小型船舶操縦士免許証
6.手数料納付書
なお、住所・氏名などに変更がある場合、それを証明する書類（本籍他記載の住民票の写し）が必要になります。
小型船舶操縦士免許を紛失した場合や、汚損した場合は、免許証の再発行を申請することができます。失効再交付の手続きは、運輸局などの免許証発行所でおこなえます。申請時に必要な書類は以下になります。
1.操縦免許証再交付申請書
（運輸局等の窓口で配布しているものに、写真を貼ったもの）
2.写真1枚
（申請日前6ヶ月以内に撮影したもの サイズは縦45mm×横35mm）
3.自動車免許証など、身分証明書
4.本籍他記載の住民票の写し
5.手数料納付書
ただし、紛失した免許証が失効している場合は、失効再交付の講習を受ける必要があります。