更新手続きを行わず、有効期限が切れてしまった場合は、操縦免許証が失効し、小型船舶に船長として乗船することが出来ません。有効期限が過ぎてしまった場合は、失効再交付の手続きが必要となります。
小型船舶操縦士免許の更新の要件は、身体適性基準を満たしていることと、更新講習機関での講習を修了していることの2つです。
身体検査は、視力・聴力・眼疾患・疾病および身体機能の障害の有無について行われます。
なお、身体検査に合格しないと、講習を受講することができません。眼鏡や補聴器が必要な方は、必ず持参するようにして下さい。
更新講習は1級・2級、特殊の双方の資格を持っている人は、1回の受講で更新できます。また、国土交通大臣が認める乗船履歴を有している場合は、講習を受講する必要がない場合があります。
申請時に必要な書類は以下になります。
1.操縦免許証更新申請書
（運輸局等の窓口で配布しているものに、写真を貼ったもの）
2.写真1枚
（申請日前6ヶ月以内に撮影したもの サイズは縦45mm×横35mm）
3.小型船舶操縦士身体検査証明書
（申請日前3ヶ月以内に更新講習機関または医師が発行したもの）
4.更新講習終了証明書
（申請日前3ヶ月以内に更新講習機関が発行したもの）
5.小型船舶操縦士免許証
6.手数料納付書
なお、住所・氏名などに変更がある場合、それを証明する書類（本籍他記載の住民票の写し）が必要になります。
1級もしくは2級小型船舶操縦士免許を取得している人が、特殊小型船舶操縦士免許も取得した場合。新たに発行される免許証に、1級もしくは2級小型船舶操縦士と特殊小型船舶操縦士の両方が表示されます。
つまり、1枚の免許証、1級もしくは2級と特殊の資格が表示されるようになるのです。この場合、免許証の有効期限は、新しく発行された免許証の交付日から5年間になります。これは、特殊小型船舶操縦士免許を先に取得し、1級もしくは2級小型船舶操縦士免許を後から取得した場合も同様となります。