検査項目の合格基準は、以下のようになります。
1.視力
両眼ともに0.6以上（矯正可）。一眼の視力が0.6未満の場合は、他眼の視力が0.6以上であり、かつ、視野が左右150度以上であること。
2.弁色力
夜間において船舶の灯火の色を識別できること。ただし、灯火の色が識別できない場合は、日出から日没までの間において航路標識の彩色を識別できれば、航行する時間帯が限定された免許を取得できる。
※航行する時間が限定された免許を取得した人は、航行時間は日出から日没までに制限されます。
3.聴力
5ｍ以上の距離で話声語（普通の大きさの声音）の弁別ができること（補聴器により補われた聴力による場合を含む）
4.疾病および身体機能の障害
軽症で小型船舶操縦者の業務に支障をきたさないと認められること。
なお、身体機能の障害についての規定は、船舶職員及び小型船舶操縦者法施行規則別表第９に「身体機能の障害があってもその障害の程度に応じた補助手段を講ずることにより、小型船舶操縦者として乗船する小型船舶の操縦に支障がないことを持って足りる」と定められています。
以上のことが確認されれば、身体機能についての検査は合格となります。しかし、身体機能の障害の程度に応じて、免許に設備限定や航行目的限定が付されることもあります。
万が一、検査に合格できなかった場合は、身体検査基準を満たさないこととなり、学科試験及び実技試験に進むことができなくなります。