特殊小型船舶操縦士の航行区域は、湖および川ならびに、陸岸より2海里以内の範囲です。
特殊小型船舶操縦士免許を取得するには、国土交通大臣が行う国家試験に合格するか、指定養成施設で所定の講習・終了審査をうける方法があります。免許の受験は、満16歳以上ですが、満15歳9ヶ月以上より受けることが可能です。
試験の内容は、身体検査・学科試験・実技試験の3種類に分かれています。
身体検査に感しては「免許に必要な身適性について」で詳しく記述しますが、視力・弁色力・聴力・疾病および身体機能の障害などについての検査が行われます。
学科試験は、四者択一問題で行われます。その内容は「小型船舶操縦者の心得および遵守事項（一般）」科目から12問出題され、「交通の方法（一般）」科目から10問。「運航（一般）」から18問出題されます。
実技試験は、実際に水上オートバイに乗り、取り扱いと操縦を行います。
1級・2級小型船舶操縦士免許を持っていても、特殊小型船舶操縦士の免許がなければ、水上オートバイの操縦は出来ません。そのため、2つの免許をあわせもつ方が増えてきています。
1級もしくは2級小型船舶操縦士と特殊小型船舶操縦士、両方の免許を取得している人は、両方を合わせて表示した1枚の操縦免許証が発行されます。